Prima organizare bisericească a românilor greco-catolici din părţile bihorene, după Unirea de la 1700, a avut loc sub Episcopul latin al Eparhiei Oradea, Emeric Czaky, care l-a numit pe canonicul Vasile Paul arhidiacon al catolicilor români de rit bizantin, arhidiaconatul cuprinzând 70 de parohii unite.

În 1748, Papa Benedict al XIV-lea l-a numit pe preotul român unit Meletie Covaci Episcop titular de Tegea şi Auxiliar şi Vicar al Episcopului latin Paul Forgach, pentru parohiile române unite. Însă românii au fost nemulţumiţi de această formă de păstorire. Împărăteasa Maria Tereza a hotărât desprinderea Vicariatului românilor uniţi de Episcopia latină de Oradea şi constituirea unei Episcopii unite autonome. La 26.07.1776, Moise Dragoş, paroh şi protopop de Oradea, a fost numit Episcop al românilor uniţi, independent de Episcopul latin. Noua Eparhie a fost înfiinţată canonic prin Bula Papei Pius al VI-lea, dată la 16.06.1777, şi cuprindea parohiile din comitatele Bihor, Arad, Bichiş, Cenad, Csongrad, Timiş-Torontal şi Caraş, ca sufragană Episcopiei latine de Strigoniu. Odată cu Episcopia a luat fiinţă şi capitlul eparhial, alcătuit din 5 canonici, iar Împăratul Iosif al II-lea a înzestrat Episcopia cu domeniul de la Beiuş.

Episcopul Ignatie Darabant (1790-1805) a primit de la împăratul Leopold ajutoare pentru înzestrarea Episcopiei cu locuinţe pentru canonici şi a început zidirea bisericii Catedrale. În timpul vieţii sale s-a reuşit doar ridicarea turnului acesteia. A fost numit consilier intim imperial şi a promovat cultura şi literatura română, fiind apreciat de contemporanii săi Gheorghe Şincai şi Samuil Micu.

Episcopul Samuil Vulcan (1806-1893) a terminat construcţia Catedralei eparhiale, a înfiinţat gimnaziul greco-catolic din Beiuş şi l-a dotat cu fondurile necesare bunei funcţionări. Beiuşul este a doua localitate din Transilvania cu şcoală medie românească, după cele din Blaj înfiinţate în 1754. Episcopia se întindea Ta Samusio (Someş) usque ad Danubiumt, având 179 de parohii şi 415 filii, situate în 11 comitate.

Episcopul Vasile Erdeli (1843-1862) a fost o mare personalitate a vremii sale. În timpul păstoririi sale, Episcopia de Oradea a trecut de sub jurisdicţia Arhiepiscopiei de Strigoniu sub cea a Mitropoliei Române Unite de Alba Iulia şi Făgăraş. Vasile Erdeli a refăcut Seminarul din Oradea, a înfiinţat Preparandia greco-catolică eparhială, a dotat gimnaziul din Beiuş cu un laborator de ştiinţe fizico-chimice. A fost numit consilier intim imperial şi a fost decorat cu mai multe ordine şi medalii, iar în 1858 a primit titlul nobiliar de baron. Episcopul Iosif Pop Silaghi (1863-1873) a participat la lucrările Conciliului Vatican I.

Episcopul Ioan Olteanu (1874-1877), care a fost mai întâi Episcop de Lugoj (1870-1874), a restaurat palatul episcopal şi s-a remarcat prin generozitate şi a iniţiat multe opere de caritate.

Episcopul Mihai Pavel (1879-1902) a fost mai întâi Episcop de Gherla. La Oradea s-a remarcat cu deosebire în viaţa spirituală. În 1887 a înfiinţat la Beiuş internatul de băieţi, iar în 1896 a întemeiat o şcoală medie pentru fete, cu internat.

Episcopul Demetriu Radu (1903-1920), care a fost mai întâi Episcop de Lugoj, a reconstruit palatul episcopal, a refăcut domeniul de la Beiuş, casa de la Holod şi reşedinţa de la Stâna de Vale. A prezidat, împreună cu I. Papp, Episcopul ortodox de Arad şi cu Gheorghe Pop de Băseşti, Marea Adunare Naţională de la Alba Iulia, din 1 decembrie 1918. A murit la 8 decembrie 1920, în urma exploziei unei bombe plasate în Senat de anarhistul Goldstein.

Episcopul Valeriu Traian Frenţiu (1922-1952) a fost mai întâi Episcop de Lugoj (1913-1922). Era foarte exigent, mai întâi cu sine însuşi. S-a îngrijit de Seminarul teologic, ridicându-l la rang de Academie teologică. I-a adus pe asumpţionişti la Beiuş, pe franciscanii conventuali la Drăgeşti şi Oradea, pe Fraţii Şcolilor Creştine la seminarul din Oradea, şi pe surorile asumpţioniste la Beiuş şi Oradea. A fixat ca locuri de pelerinaje: Zalău, Drăgeşti şi Sânislau. În 1941 a fost numit Administrator Apostolic al Arhieparhiei. La 1 decembrie 1948, Biserica Româna Unită cu Roma (Greco-Catolică) a fost desfiinţată. Toţi Episcopii, mulţi preoţi şi credincioşi au fost arestaţi, bisericile, casele parohiale şi toate bunurile au fost confiscate. Episcopul Valeriu Traian Frenţiu a murit ca martir, după multe suferinţe, la 11 iunie 1952, la Sighetul Marmaţiei. După arestarea Episcopului Valeriu Traian Frenţiu, Eparhia a fost condusă de Pr. Augustin Maghiar, Vicar general, pâna la 28.07.1949, când a fost sfinţit ca Episcop, în clandestinitate, Iuliu Hirţea.

Episcopul Iuliu Hirţea (1949-1978), consacrat de Nunţiul papal Patrik O’Hara, şi-a desfăşurat activitatea în clandestinitate. A fost şi el arestat la 8 decembrie 1952, fiind eliberat doar în 1964. În acest răstimp, Eparhia a fost condusă de Pr. Augustin Egreanu, provicar. În 1978, canonicul Coriolan Tămâian a preluat răspunderea Eparhiei. A murit în 1990, iar Sfântul Scaun a decis atunci consacrarea ca Episcop de Oradea a preotului Vasile Hossu, care a păstorit Eparhia până la moartea sa, în iunie 1997.

Episcopul Vasile Hossu (1990-1997) a reorganizat Eparhia şi Seminarul. A construit o nouă biserică în cimitirul Olosig, pe care a încredinţat-o franciscanilor conventuali. A redobândit clădirea Institutului Teologic şi a redeschis Seminarul teologic liceal. După moartea Episcopului Hossu, ca Episcop de Oradea a fost numit Virgil Bercea, care fusese transferat de la Blaj la Oradea încă din noiembrie 1996, ca Episcop Coadjutor.